El manga de Elfen Lied, creado por Lynn Okamoto, fue publicado entre junio de 2002 y agosto de 2005 en la revista semanal japonesa Young Jump; pocos meses después de su aparición, la editorial Shueisha empezó a distribuirlo en tankobon, quedando finalmente estructurado en 12 volúmenes con 107 capítulos en total.

Según el autor, Elfen Lied fue concebido originalmente como un manga de un par de volúmenes, aunque la aceptación obtenida por parte del público permitió extender notablemente la longitud de la historieta frente a sus expectativas iniciales.

A lo largo de los tres años que duró la publicación del manga se observa una evolución en el estilo de dibujo de Lynn Okamoto. En sus propias palabras, los primeros volúmenes están dibujados con un «estilo torpe e infantil», que llegaría a resultarle desagradable tras mejorar sus aptitudes, pese a «haber puesto todo su esfuerzo en dibujarlos»